En el atractivo recorrido por el norte de Burgos el Ebro riega las ierras de Cillaperlata. Antes de llegar a este histórico enclave y tranquilizar su curso en la amplia depresión de Tobalina, el río ha modelado el desfiladero de la Horadada al abrirse paso entre las Sierras de la Tesla y La LLana. Debido al interés natural de Cillaperlata, el municipio se ha incluido en el Espacio Natural de Montes Obarenes.

En su privilegiado entorno natural la vegetación ribereña y los extensos pinares contrastan con las fincas, las huertas y los campos de frutales.